南京专利代办处是国家知识产权局专利局在江苏省知识产权局设立的专利业务派出机构，主要承担专利局授权或委托的专利业务及相关服务性工作，工作职能属于执行专利法的公务行为。主要业务包括：专利申请受理、费用减缴备案审批、专利费用收缴、专利实施许可合同备案、专利权质押登记等业务，以及与专利业务相关的咨询服务。 

 根据职责，代办处设置综合部、国防专利服务部、受理部、收费部4个内设部门。 

一、综合部 

1.负责代办处文电、机要、会务、档案等日常运转事务；

2.负责门户网站的维护及管理，信息公开、保密、督查、外事；

3.编制代办处发展规划和工作计划，起草重要报告、综合性文件；

4.承担日常财务管理；

5.承担机构编制、培训教育、薪酬福利等人事管理；

6.负责党群相关工作；

7.组织开展对外业务培训及宣传联络；

8.业务数据的统计与分析；

9.工作站及企业联络员的管理；

10.各类研究项目的管理；

11.协助开展低质量专利申请监控；

12.代办处交办的其他工作。     

二、国防专利服务部

1.负责国防专利业务办理及相关咨询；

2.代办处交办的其他工作。 

三、受理部

1.专利申请受理； 

2.费用减缴备案审批； 

3.USB-KEY证书更新； 

4.专利登记簿副本受理； 

5.专利实施许可合同备案； 

6.专利权质押登记； 

7.批量专利（申请）法律状态证明受理； 

8.专利优先审查受理； 

9.专利文档查阅与复制； 

10.在先申请文件副本受理；

11.通知书发文； 

12.纸件通知书退信通知； 

13.专利开放许可声明受理； 

14.向外申请保密审查； 

15.集成电路布图设计受理； 

16.商标业务受理； 

17.地理标志专用标志使用申请受理； 

18.司法查控与协助查询；

19.与受理、发文业务相关的咨询；

20.代办处交办的其他工作。 

四、收费部

1.负责专利费用的收取、上缴及账务处理工作；

2.专利应缴费用查询；

3.与收费部业务相关的咨询；

4.代办处交办的其他工作。